近年来，我国严格区分政府投资项目和非政府投资项目，实行不同的管理。对于政府投资项目，严格遵守《政府采购法》和《招标投标法》，实行严格的管理程序。对于非政府投资项目，强调市场调控，政府只管秩序和安全。此外，政府投资项目进一步分为经营性政府投资项目和非经营性政府投资项目，实行不同的管理。经营性政府投资项目采用项目法人责任制，非经营性政府投资项目实行集中专业化管理。
(一)经营性政府投资项目
对于经营性水利工程建设项目，政府可以采取一定的投融资手段参与建设；对于社会效益较大的项目，政府可以通过资本参股的方式提供资助和支持；对于市场可以自行解决的项目，财政不再安排资金。目前，我国对于经营性股份投资项目，主要采用项目法人责任制，政府相关专业部门根据《中华人民共和国公司法》设立国有独资公司。有限责任公司货物有限公司对大多数项目采用投资公司的形式，项目法人充当项目业主，承担项目法人的职能。采用项目法人责任制，采用政府特许权管理公共设施建设项目，或者政府购买服务等支出方式，有吸引民间资本参与的好处。在采用这些管理方法的过程中，必须建立严格的风险评估和风险应对机制，增强企业履行合同的法律意识。
(二)非经营性政府投资项目
对于非经营性政府投资项目，我国仍采用传统的建设管理模式，建设单位提出项目建议书和可行性研究报告，报政府计划部门审批，确定投资额度和年度投资计划，财政部门拨付建设资金，然后建设单位组织基础设施单位进行建设。在这种投资管理模式下，投资者与建设者分离，政府作为投资主体，并没有直接参与项目的建设过程。通常这种模式下的建设单位大多是非营利的社会公共管理或服务部门，技术和管理不足。最后，建设单位自然成为项目建成后的用户，在项目建设过程中有追求自身利益的倾向。

二、水利工程投资管理中存在的问题分析

(1)项目决策阶段存在的问题分析
在项目投资决策阶段，主要对各项技术经济指标进行论证和投资估算，对项目建成投产后的成本和经济效益具有至关重要的影响，是项目投资控制的重要阶段。在项目决策阶段，我国水利工程建设项目的问题主要存在于可行性研究中。一方面，在现有的经济管理体制下，投资者不承担投资风险，因此做好可行性研究的主动性较差。另一方面，由于咨询单位隶属于行政部门，受本位主义影响，容易高估效益，低估投资，使得可行性研究难以达到预定目的；另一方面，由于可行性研究工作时间短，缺乏备选方案，容易出现决策失误，一旦出现决策失误，后期完善的控制和管理无法弥补损失。
(2)项目设计阶段存在的问题分析
项目决策阶段结束后，进入项目设计阶段，设计阶段也是投资控制的关键阶段。但由于各种因素的影响，设计阶段的工程造价控制管理并没有得到应有的重视。首先，设计师的风险意识很高。与项目的投资相比，他们更注重项目的安全，从而保守设计，缺乏应有的创新。一些设计单位为了获得更多的设计项目，往往会照搬之前类似项目的设计经验，不能贴近实际项目。后期设计方案的变更必然导致投资偏差；其次，大量水利工程项目缺乏设计方案的优化，没有大力实施限额设计。建设单位只注重技术可行性和经济合理性。最后，由于新材料、新设备的不断涌现，工程造价的约束力降低，导致预算与结算的差距不断增加。
(3)工程造价计算中存在的问题分析
现行的工程造价计算类型主要包括投资估算、设计概算、项目管理预算、竣工结算和竣工决算。
1.在投资估算和设计概算过程中，部分投资者为了尽快推出项目，缺乏应有的严肃性，人为降低投资额。此外，投资估算中选择的数据有时误差较大，导致投资估算缺乏相应的准确性，进而给施工企业带来沉重的负担。
2.目前，项目管理预算被高估。项目管理预算的编制往往根据工程建设情况，按照总量控制和合理调整的原则，合理调整初步设计预算中每个项目的数量和价格，有利于施工过程中项目成本的管理和控制。
3.竣工结算和竣工结算。竣工结算时，施工单位和施工单位应当对承包工程进行最终结算。竣工结算是建设单位向国家或者项目法人报告建设成果和财务状况的总结文件。从成本角度来看，竣工结算只是合同范围内的成本，竣工决算是完整的成本。
(4)工程招标阶段存在的问题分析
目前，我国工程招标过程中存在投标串标的不正当竞争行为，其目的是挤出其他竞争对手，但结果往往损害投标人双方的利益。此外，项目管理并不完善。从投标人的投标文件来看，项目管理团队很强，但中标后实际到岗人员很少，多报少报的管理情况往往会导致项目管理混乱，难以实现承诺的目标。
(5)工程实施阶段存在的问题分析
工程实施阶段的问题主要存在于工程变更中。首先，工程变更通知的内容只描述变更项目的内容、范围和数量，不确定变更工作的具体成本。其次，目前施工过程中变更比较随意，施工通常会因为业主要求加速或者工程师的现场指令而变更，变更缺乏限制程序。如果不加强控制，这种变化会对控制工程造价产生极其不利的影响。
(6)工程竣工结算阶段存在的问题分析
在编制结算书时，施工单位有意增加工程量或巧立名目，提高收费标准，主要有以下几点：
1.违反工程量的计算规则，重算，或多或少计算工程量。比如违反规定，混淆各分项工程的界限，重算工程量，不扣除应扣除的工程量，分别计算应合并计算的工程量，额度中包含的内容另计工程量等。
二、违反定额规定，多计工程直接费用。举例来说，不同规格的分项工程，工程量混合计算造成高套定额，自行提高定额单价，随意增加材料消耗，多计钢筋调整量，增加钢筋混凝土含钢量，结构相似，定额分别定价，高不低。
3.违反收费规定和标准，乱收费。比如材料差价计算不准确，同一项目的不同专业按其中一个专业同时收费，随意套用收费基数多收费。

三，结语 　　
虽然我国水利工程投资管理存在一些问题，但随着项目投资控制的加强和投资控制管理措施的加强，我国水利工程投资管理体系日益完善。